KrakenSmith — pipeline para bancos customizados (Kraken2 & Bracken)
Instalação, construção de bancos, classificação e visualização (Krona).
Sou bioinformata focado em metagenômica, variantes genéticas e automações. Aqui você encontra projetos, tutoriais e um pouco sobre mim.
Bacharel em Ciências Biológicas e Mestre em Ciências (ênfase em genética, mutações e terapia gênica, 2020). Atualmente sou doutorando em Ciências Farmacêuticas pela UNICENTRO, vinculado ao projeto Genomas Paraná. Realizei doutorado sanduíche no Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics (MPI-IE), na Alemanha. Tenho experiência sólida em genética molecular, citogenética, análises clínicas, terapia celular e medicina regenerativa com células-tronco mesenquimais.
Atuo também na área de bioinformática aplicada à genômica e metagenômica, com foco em análises de microbiomas, anotação de genomas bacterianos e identificação de genes de resistência antimicrobiana. Desenvolvo e aplico pipelines automatizados que abrangem desde o pré-processamento de dados de sequenciamento até montagem, anotação funcional e visualização de genomas, utilizando R, Python e Bash em ambiente Linux.
Tenho ainda familiaridade com bancos de dados relacionais (PostgreSQL, MySQL) e desenvolvimento de soluções web. Sou proficiente no uso do Google Planilhas, explorando recursos avançados para automação, cruzamento e análise de dados de forma visual e integrada.
Atuação em laboratório de pesquisa ambiental com aplicação de técnicas de genotoxicidade e mutagênese em diferentes táxons, incluindo ensaio de micronúcleos e ensaio cometa, para avaliação de danos ao material genético. Experiência na obtenção e análise de índices mutagênicos, com foco na identificação de alterações genéticas e correlação dos resultados com níveis de degradação ambiental, contribuindo para estudos de monitoramento e avaliação de impacto ambiental.
Atuação no gerenciamento de rotinas laboratoriais em empresa de biotecnologia, com responsabilidade pelo cultivo e manutenção de células-tronco, controle de qualidade dos processos, gestão de insumos laboratoriais e suporte técnico às atividades de produção. Participação nos processos de comercialização de produtos de terapia avançada, integrando demandas técnicas, operacionais e administrativas do laboratório.
Atuação em laboratório de genética molecular com execução de técnicas de biologia molecular aplicadas à pesquisa em oncogenética, incluindo extração e quantificação de DNA, amplificação por PCR, sequenciamento de Sanger e análise de mutações gênicas por MLPA. Experiência na preparação, processamento e interpretação de dados moleculares, bem como no apoio à investigação de alterações genéticas associadas ao melanoma e outras neoplasias, com integração de dados laboratoriais e epidemiológicos.
Atuação em rotinas de laboratório ambiental, com foco em saúde ocupacional e controle de qualidade de alimentos e plantas medicinais, realizando análises bacteriológicas e microbiológicas de água mineral, tratada e in natura, incluindo monitoramento de sistemas de ar-condicionado e de estações de tratamento de água e esgoto. Experiência em análises microbiológicas, hematológicas, bioquímicas e parasitológicas aplicadas a animais silvestres, contribuindo para a definição de valores de referência laboratoriais para diagnóstico de patologias.
Instalação, construção de bancos, classificação e visualização (Krona).
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